自(🌠)西元20XX年(🥇)，人类(lèi )从肯(kěn )亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一(🍥)个名叫索哈尔(Zohar)的物体(💤)之(😧)后(hòu )，便开始(shǐ )对(🎲)它进行研究，后来有(yǒu )人(rén )(⚫)重(🐿)建出来所(suǒ )谓的“神之语(🕯)言”，并建立(🥄)电(diàn )脑(🚉)程(chéng )式以启(🕌)动原(📞)始索哈尔(ěr )(🗑)，进(jìn )行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红(hóng )色波动存在)连结的(de )连结实验(yàn )，但很不(bú )幸(㊗)地，从上(shàng )位领域(yù )流入下位领域(yù )的能量造(👓)成了事(shì )象(xiàng )变移，使地球(游戏中(zhōng )所(suǒ )谓的“失(shī )落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙(zhòu )中“消(xiāo )失”，人类(lèi )因(yīn )(💹)而(ér )被迫逃亡，离开(🚗)地(dì )(🐾)球。到(dào )了(➡)四千(🐛)年(nián )多后，在故事开(🌪)始前(qián )十(🚶)五的T.C.4753年，米尔奇(🔍)亚行星(Miltia)爆发了所(suǒ )谓(wèi )(🍽)的米(🔞)尔奇亚冲(🔎)突事件，在此(🆙)次事件当中，米尔奇亚(yà )行星(xīng )的(de )人(👛)类疑似遭到(dào )了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并(bìng )在(zài )冲(🚩)突事件后消失(🈺)，但(🧥)事件的真相却因(yīn )为米(mǐ )尔(🈂)奇亚的消失而不为人知。在事件后，启(qǐ )动原始索(📯)哈(🐇)尔(ěr )（后来(🏗)人类制造出了十(🎆)二(èr )具(jù )(🏖)索哈(🐸)尔模拟体，因此(cǐ )原(♟)有的索哈尔就(jiù )被称之为原始索哈(hā )尔）所需的神之语(📸)言、原始索哈尔的(de )(🦄)研(🔂)究成果、米尔(ěr )奇亚的U.M.N.座标(🤳)等事物(wù )，都(dōu )被封(fēng )存(cún )在Y资料当中，而(ér )(📒)Y资料又被(bèi )封存(🌄)在百式观(guān )测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(🚖)识内，然而(🈲)这么做却引起了各(gè )方势(shì )力对M.O.M.O.的争夺，因此星(xīng )团联(🏥)邦政府(🍑)(游戏中(zhōng )统(tǒng )治(zhì )各行星的政府(fǔ )，英(yīng )文名Galaxy Federation)雇了一个(🔷)名叫Ziggurat 8的(de )生(shēng )化人(Cyborg)，以保护(hù )(🐁)M.O.M.O.的(😀)安全(🐖)。另(🧜)一方面，在米尔(🕎)奇(👑)亚冲(chōng )突事件(jiàn )结束后的十几(📀)年，也就是大(dà )约在游戏(⏭)EPI开始的(de )时候(🥐)，当时(🚮)最(🈶)大的企业(🚔)贝克达公司以(yǐ )(👄)对(👻)抗格诺(nuò )(🔢)西斯侵扰的(📏)名(🤥)义，进(jìn )行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开(🧤)发(🔀)计划(🔹)，但和(🗼)当时多使用(🏟)合成人(🙂)(Relian)与生化(huà )人(rén )(😾)(Cyborg)的(🌮)情况(🚠)所不(🛹)同的是(⚾)，KOS-MOS是(🍝)个(🐻)纯粹的(🧜)机械制品(pǐn )。另一方面，在EPI开始时(♑)，参与KOS-MOS开发计(jì )(💺)划(🛴)的贝克达公司第一开发局(🙃)研究人(rén )(🕙)员卯月(🚃)紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的(🐞)Woglinde号(hào )(🐇)太(👷)空船进行(háng )旅途。但没想到其太空(kōng )船(chuán )却被冲著索哈(hā )尔而(ér )来(lái )的格诺(nuò )西(xī )斯所攻击(jī )，而KOS-MOS也(🚴)在此时突然(rán )启(qǐ )(🏾)动，卯(😾)月紫苑(yuàn )因而被卷入一连(lián )串(chuàn )(✝)和格(🔙)诺西斯及索哈尔有关(guān )的阴(☔)谋，以(yǐ )(⛄)及会改变(biàn )人类命运的事件(jiàn )当中(🕥)……