自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖(hú )(🃏)的(🕋)湖(hú )畔挖出了一(🕰)个名(míng )叫(jiào )(🍥)索哈尔(Zohar)的(🔬)物体之(🐮)后，便开始(shǐ )对它(tā )(👋)进行研(yán )究，后来有人重建出(chū )来所谓的“神之语言”，并(bìng )建(jiàn )立电脑程(chéng )式以启(🏐)动原始索哈(📞)尔，进(jìn )行和(hé )上(shàng )位领域(yù )的U-DO(上位领域当中(zhōng )的(de )(⏺)红(🚢)色波(📎)动存(🚣)在)连结的连结实验，但(dàn )(❔)很不幸地，从上位领(💻)域流入下(xià )(🔝)位(wèi )领域(yù )的能量(🤸)造(zào )成(🙄)了(le )事(👓)象变移，使地球(游戏中所谓的“失(🤲)落耶(⛳)路撒(💠)冷”)几(jǐ )乎完从从(cóng )宇宙中(🧣)“消失”，人类因(yīn )而(❕)被(💝)迫逃亡(🏉)，离开地球。　　到了(🈸)四(➡)千年多(🌹)后，在故(gù )事开始前十五的(de )T.C.4753年(🎥)，米(🈺)尔(🤔)奇亚(yà )行星(Miltia)爆(👵)发了所谓的米(mǐ )尔(ěr )奇亚冲突(tū )事件(jiàn )，在(👄)此次事件当中(zhōng )，米尔奇亚行(háng )星(🎐)的人类疑似遭到(dào )了格诺(nuò )西斯(Gnosis)的攻(gōng )击(🕺)，并在冲突事件(jiàn )后(hòu )消(xiāo )失，但(⏺)事件(🔮)的真相却因为(wéi )米尔(ěr )奇(qí )亚(🚪)的消失而不为人知。在事件(jiàn )(🈸)后，启动原始索哈(📯)尔（后来(🔍)人类制造出了十(🎁)二具(⛎)索(suǒ )哈(hā )尔模拟体，因此原有的(de )索哈(🏁)尔(🍏)就被称之(🍗)为原始索哈(😂)尔(😙)）所需的神之语言、原(🌽)始索(🏒)哈尔(ěr )(🎆)的研究成果、米尔(📳)奇(qí )亚(yà )的(🧔)U.M.N.座标等事(shì )(🔡)物，都(dōu )被(🏫)封存(🏺)在Y资料当(dāng )中，而Y资料(😕)又(🎛)被封存在(🌄)百式观(guān )(😯)测用(yòng )(😫)合成人(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然而这(zhè )么做却引(yǐn )起了(le )(🐔)各方势力对M.O.M.O.的争(zhēng )夺(duó )，因此(cǐ )星团联邦政府(fǔ )(游戏中统治各行星(👂)的政府，英文(wén )名(💻)Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生(🏃)化(huà )人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(de )安(ān )全。　　另一方面(🗒)，在米尔奇亚冲突事(shì )件结束后的十(shí )几年(nián )，也就是大约在游戏EPI开始的(🚱)时候，当(🚮)时最大的(📂)企(qǐ )业贝克达公司以(👻)对抗(kàng )(💁)格诺西斯侵扰的名义，进行(háng )对格诺西斯(🦇)用(yòng )战(zhàn )斗兵(🏐)器KOS-MOS的开发计划，但和当时多(duō )使用合成人(Relian)与生化(huà )人(📰)(Cyborg)的情况所(🛹)不同的(⚾)是，KOS-MOS是个纯(chún )粹的机(🚊)械制(zhì )品(pǐn )。另一方面(miàn )，在EPI开始(♑)时(🔋)，参与KOS-MOS开(kāi )发计划(huá )的(de )(🧔)贝(bèi )克达公司第(dì )一开发(🙃)局研究(🕙)人员卯月紫苑，正乘着(zhe )(📿)当时载(🐕)有还没正式启(🍵)动(🚒)的KOS-MOS的Woglinde号(hào )(👷)太空(🧛)船进行(háng )旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈(hā )尔而来的格诺西斯所(suǒ )攻击，而KOS-MOS也(yě )(🎶)在此时突然启(qǐ )动，卯月紫苑因而(📲)被卷入一连(✝)串和格诺(㊙)西斯及索哈(👲)尔有(yǒu )关(⏺)的阴谋，以及会改变(🌂)人类命(mìng )运的事件当(🕥)中……(🥇)