1999年，某个东(dōng )西被卡(kǎ )车运出了馆山(shān )市(🃏)。几天后，哥斯(sī )(🕰)拉(lā )登陆了馆(guǎn )(🔧)山，特生自(zì )卫队出动(dòng )与之展开了苦战。在战斗中(zhōng )，自卫(🌗)队(duì )员(♑)家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰(shì )），自己(jǐ )却侥幸活(huó )了(le )(🙁)下来(🚸)，并(bìng )被派去了资料(liào )科。　　另一方面，日本政府(fǔ )在柘植真智子(zǐ )首相(xiàng )（水野久美 饰）的指挥下，召集(🏂)了汤原德光(🙄)（宅麻伸(🙉) 饰）(🎾)等科学(🍄)家开(kāi )(🥫)始(🤷)研(yán )究对付(fù )哥(gē )斯拉的G兵器(qì )(⛳)。他们(men )以在馆山冲(chōng )挖掘出来的初代(dài )(🗳)哥斯拉(❕)骨骼为基(jī )(🏉)础，用(yòng )了(le )(🛎)四年(🚗)制(zhì )成了(😊)机械哥斯(🐛)拉——3式机(🤷)龙。柘植首相辞(📟)职(zhí )，由科(🔈)学(🏒)技(🙎)术(shù )厅长(🐡)官五十(📧)岚隼人（中(📛)尾彬 饰）就(jiù )(🔷)任新首(shǒu )相。同时，茜被派(pài )去(🔎)了(le )机龙队，担任机龙的操作员。　(🏓)　(🚽)就在准备机龙测试机(jī )(📤)动时，哥斯拉(lā )又(yòu )在东京湾出现了(✖)。机(jī )龙赶赴现(🚩)场(🍹)与哥斯(sī )拉对战，却(🔮)因哥斯拉(🔬)的吼声(🌲)唤醒了体内的野兽灵魂，突(tū )(🏡)然暴(💨)走，在城市中造成(chéng )(🚓)了(le )大破坏(👆)。　(🏗)　为了改良机龙，汤原改变了(le )机(🏗)龙DNA计算机的碱构造，使机龙(lóng )(🤠)不会再受哥(gē )斯拉叫声(⛱)的干(gàn )扰(rǎo )。但由于对再次(🌶)暴走的(de )(🔰)担忧，五十(🍐)岚迟迟不(bú )允许出(chū )动(🔚)机龙。　　哥斯拉(lā )再度出现(🦀)在东京湾(💘)，一(yī )路无视特(tè )生(shēng )自(💽)卫(wèi )(💍)队的攻击来(🆕)到(dào )了品(💓)川(🛒)，令城(💦)市变(biàn )成(🌟)了一(yī )片火海。面对如(🕶)此情景，五十(🤖)岚(lán )终于同(tóng )意让机(🖨)龙出(🐔)动。　　为了打败哥斯(🙋)拉，机(jī )(👐)龙被(☔)送到了品(pǐn )川。茜也抱着(📒)必死的觉悟。机(jī )龙和茜(qiàn )的战斗就这样开始了。